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虽然采取了一系列措施，但由于多方面的原因，我国在稀土资源开发利用和保护中仍然存在一系列问题。一是资源勘查程度低，资源消耗过快。当前，我国稀土资源探明资源储量只有资源潜力的三分之一，尤其是离子型稀土资源的家底尚未完全摸清。同时，由于资源消耗过快，我国稀土资源保有储量逐年下降，特别是我国特有的离子型中重稀土矿，资源消耗速度更快。二是稀土开发监管难度大。稀土资源的分布点多面广，特别是南方离子型稀土矿，分布广，埋藏浅，易探易采，在高额利润诱惑下，稀土资源盗采活动屡禁难止，国土资源主管部门机动巡查、监管难度相当大，行政成本非常高。三是产业结构失衡较为明显。2014年全国稀土冶炼分离产能已达40万吨，远超全国合法稀土采矿权开采规模和国家下达的全国稀土矿山开采总量控制指标限额，直接导致市场竞争加剧，一方面大量收购非法开采矿产品，另一方面竞相低价出口，对稀土资源开采和稀土矿产品出口监管造成较大压力。四是相关法律法规建设滞后。现行法律法规赋予监管部门的执法手段有限，强制措施不足，执法常常面临着对违法采矿责任认定难、周期长、成本高等问题。同时，对开采总量控制指标强制执行和稀土产品流通领域监管，缺乏法律支撑和监督落实的有效手段。五是政策调整期稀土资源管理面临新的挑战。当前矿产资源补偿费率归零后，矿业权使用费标准未能及时调整，国家权益金制度尚未出台，经济调节手段未能发挥有效作用。另一方面，稀土出口配额和关税取消、负面清单制度试点、战略储备机制不健全，都给稀土资源管理带来新的挑战。
下一步，国土资源部将会同相关部门，采取有力措施，进一步加强稀土资源开发利用和保护。
强化规划管控，加强稀土资源保护。国土资源部正会同有关部门，组织开展第三轮全国矿产资源规划编制工作，拟将稀土等23个矿种列入战略性矿种目录，作为国家层面重点管理和保护的对象；优化稀土开发格局，引导稀土资源有序开发，建设内蒙古包头、四川凉山、江西赣州等7个稀土资源基地，巩固大型稀土企业集团主导的勘查开发和资源配置格局；划定一批对国民经济具有重要价值的矿区，作为资源保护和储备的重要抓手，严格保护与监管。
加大地质勘查力度，提高稀土资源保障能力。以赣州为例，除了赣州龙南的足洞，寻乌的河岭、南桥，会昌的珠兰埠等矿区外，其它矿区工作程度还不够高。“十三五”期间，国土资源部继续开展稀土资源调查评价工作，进一步摸清资源家底，按照党中央国务院扶贫攻坚的有关政策要求，加大对赣南等革命老区地质调查投入力度，为稀土资源开发和地方经济社会发展奠定基础。继续支持全额使用中央地质勘查基金和省级财政专项资金开展稀土矿预查、普查或必要的详查项目；支持国家确定的大型稀土企业集团为采储平衡需要而开展的稀土矿勘查项目。
严格稀土开采总量管理，严防资源过度开发。重点将共伴生稀土资源开采纳入总量控制指标管理，超指标开采的要进行储备，不得销售；不具备储备条件或储备能力不足的，不予办理扩大矿区范围、扩大生产能力。实施工程建设项目回收利用稀土资源的，制定管理办法，继续由省（区）国土资源主管部门统一组织回收利用或储备，纳入开采总量控制指标并严格规范管理和监管，进一步完善稀土年度开采指标控制管理机制。
加强宏观管控，提高稀土资源开发利用水平。科学合理确定矿山开采回采率、选冶回收率、综合利用率，实现稀土资源高效开发与综合利用。坚持在开发中保护，在保护中开发，按照“边开采、边治理”，“谁治理、谁受益”的原则，加大稀土矿山环境治理恢复治理力度，不断改善矿山地质环境。努力构建绿色矿山与和谐矿区，做到“开矿一处，造福一方”，让当地群众能够分享资源开发成果。
加强部门协作，完善稀土资源开发监管长效机制。加大部门协调力度，深化稀土开发监管区域联动机制，通过落实政府监管和企业主体责任，推进地方政府主动、区域部门联动、企业主动参与的共同责任机制。加大联查联打力度，构建“天上看、地上查、群众报、网上管”的立体监管网络，取缔和重拳打击稀土勘查开采违法违规行为，维护正常开发秩序。积极配合有关部门完善稀土全产业链监管体系，开展稀土产品追溯体系建设，按照“将稀土产品从开采、冶炼分离到流通、出口的全过程串联起来，建立起产品可追踪、责任可回溯的追溯体系，实现对稀土产业的全链条多维度监管”的要求，完善稀土开采台账等制度，建立有奖举报及“黑名单”制度，强化源头监管。
建立完善矿产地储备机制，保障国家战略资源安全。建立完善矿产地储备机制，加强生态脆弱区内已探明稀土资源大中型矿产地的储备，在划定稀土矿产国家规划矿区的基础上，统筹规划南方离子型稀土矿的勘查开采，以矿产地储备方式对中重稀土矿产地进行战略储备。对列入国家储备的资源区，由当地政府负责监管和保护，未经国家批准不得开采，国家通过转移支付等手段对储备地区进行财政补助。指定6大企业集团作为工程建设项目中剥离稀土的回收主体，对超出开采总量控制指标的稀土资源进行储备。配合相关部门建立稀土矿产品储备机制，实施国家、企业两级矿产品储备机制。
